变速箱是重点改进的地方传动比降低为1：2.64。这样的优点是提高了经济性。在动力方面爬坡的话虽然传动比降低了，但是在电动机的联合发力下不会有太多衰减，相反最大的限度的发挥电动机的扭矩有利于更低的燃油消耗。专为君越eAssist车型调整了退挡设置，使车辆减速时更平顺；而新加入的电动油压保持装置，在驻车发动机停止工作时保证变速箱的随时待命。
 

君越混合动力版配备智能启/停功能，在等待红灯以及堵车的工况下，不需要将排挡杆推入N挡空挡，是需要用力踩下刹车，发动机将自动熄火，达到节省燃油的目的。这套系统在拥挤的城市道路行驶，十分方便实用。